1690年，准噶尔汗加尔丹在乌兰布通战役中被清军打败，失去了大部分主力，战败后逃往科布多（今蒙古吉尔格朗图）。俗话说：树倒了，猴子散了。加尔丹还没有倒下，但它已经下降了。哈萨克、青海和其他被他征服的部门过去都进入了清军阵营。加尔丹的力量被严重削弱，暂时安静了一段时间。
乌兰布通战争结束后，康熙来到多伦诺尔（今内蒙古锡林格勒盟多伦）召集蒙古和内蒙古王子贵族联盟，巩固蒙古统治，防止噶尔丹卷土重来。喀尔喀蒙古归属，坚定地站在清朝一边。
可以说，卡尔丹也是与康熙棋相遇的英雄。继位后，他内叛，外征西讨，战无不胜。哈萨克、喀尔喀等都是他搞定的，鼎盛时期控制的领地约700万平方公里。这样的角色不会那么容易承认失败。
1695年冬天，加尔丹率领3万人沿着克鲁伦河下到河源屯聚，在巴彦乌兰(今蒙古温都尔汗以西，达尔汗以北)到处抢劫。
当然，康熙不会错过加尔丹的大麻烦。1696年2月，康熙皇家司机亲征加尔丹。军队分为三条路。康熙领导中路约3万人，主要是驻扎在北京师傅的八旗营和火器营，从独石口（今河北省赤城北部）北出。
西路军由抚远将军费扬古和振武将军孙思克领导，约4万人从归化(今内蒙古呼和浩特)和宁夏(今宁夏银川)北上，在翁金(今蒙古海尔汗杜兰西)相遇。
由黑龙江将军萨布素领导的东路军约1万人，主要来自盛京、黑龙江、宁古塔和科尔沁。军队翻过大兴安岭，沿着克鲁伦河向西移动。
三军约定日期在土喇(今蒙古乌兰巴托西南)会师，然后联合攻击加尔丹。然而，虽然西路军的孙思克部门看起来更近，但道路是最难走的，要么是高山(阴山、阿尔泰山)，要么是沙漠戈壁(乌兰布和沙漠、库布齐沙漠、中央戈壁等。)，要么翻山越岭，要么穿越大沙漠，要么处理极端气候条件。
当孙思克部穿越沙漠时，遇到恶劣天气，行军缓慢。在翁金等了很多天的费扬古等孙思克到了，立即改变了计划，从孙军中挑选了4000名精英与他们的紧急行军，并向康熙报告。为了协调各部门，康熙放慢了中路行军的速度。
虽然分进合击的策略威力很大，但各部门之间的协调合作要求很高，尤其是在信息传递效率低下的古代。如果你不小心，整个计划可能会失败，甚至可能会被打破。就像明朝和后金之间的萨尔浒战役一样，明朝也使用了分进合击的策略，因为协调不到位，信息不畅。虽然整体兵力占优势，但都被努尔哈赤打破，大败而归。
康熙率领的中路军走了将近三个月，5月初到达克鲁伦河。卡尔丹措手不及，望着清军的大势，撒开丫子逃命。在清军的追击下，卡尔丹仓促逃跑，被西路军费扬古诱惑到昭莫多。
昭莫多在蒙古首都乌兰巴托以南约45公里的宗莫德市， 蒙古语中的“昭莫多”是大树林的意思，这在数据中被描述过 “它的北大山矗立在千崖上，山下平川广阔，森林断断续续，河流环绕，南山差低于北，逐渐折叠，有一座横山和战场。“这里的山是肯特山，平均海拔约2000米， 昭莫多东有丘陵，西有河流。
肯特山位于蒙古首都乌兰巴托东侧。蒙古人的祖先生活在额尔古纳河。后来诞生的成吉思汗横扫欧亚，年轻时被敌人追杀，在肯特山的庇护下生存下来。可以说，肯特山是成吉思汗心目中的圣山，统一蒙古高原后的成吉思汗多次回到肯特山祭拜。所以肯特山也被称为“金圣山”。传说成吉思汗死后，埋在肯特山。
清军在山上居高临下，佘尔丹相当勇敢，骑兵下马，带领军队猛攻。双方激战半天，无论输赢，都很难解决。清军出奇兵攻击佘尔丹的侧翼和后翼，配合正面主力。佘尔丹军乱了，然后就被打败了。佘尔丹只带了十几个骑兵逃跑，但他的妻子阿奴死在了混乱的军队里。
昭莫多之战，加尔丹大败。后来，加尔丹派人袭击翁吉（今蒙古阿尔拜赫雷东南）清军粮草基地，被清军炸毁，完全失去了与康熙作战的资本。
趁它生病去死。1697年，康熙来到宁夏，指挥清军征服加尔丹。加尔丹的侄子阿拉布坦被清廷叛逆。一代英雄加尔丹别无选择，只能喝药自杀。到目前为止，让康熙睡不着的准加尔叛乱终于平静下来了。
除了兵力上的劣势外，昭莫多之战还有两个更重要的原因：
1、缺乏警惕性，存在侥幸心理。他对清军的情报工作不到位。他甚至不知道康熙皇家司机的亲征。他认为清军不会远离沙漠攻击他。结果，他措手不及。
第二，战场指挥失误。敌强我弱，敌进我退。一开始知道打不过就逃，其实是对的。但后来被清军诱敌，放弃骑兵，下马步战，抬头攻高地，有点不可思议。据说加尔丹经历了很多战争，不会犯这样的错误，但他只是犯了错误。
噶尔丹的平定使漠北喀尔喀蒙古回到清朝的控制之下，维护了祖国的统一和领土的完整。