裕固族信仰喇嘛教，属于喇嘛教格鲁派（黄教）。然而，裕固族的祖先在历史上相信其他宗教。在公元8世纪中旬之前，回族人信仰萨满教。他们崇拜精灵、祖先和雷霆。应该有时会有一个男女巫师来预测好运和坏运气。后来，裕固族的祖先相信摩尼教和佛教。
8世纪中叶，回族政权建立后，随着封建制度的不断发展，原本崇拜精灵的原始萨满教已经不能满足新兴封建主阶级的需要。为了维护各部落的统一，增强君主的威望，有必要产生一个能够保护自我尊重的君主地位的神。因此，在公元762年，回族第三代可汗牟宇可汗出兵帮助唐平定“安史之乱”后，他带回了四个摩尼僧。牟羽可汗宣布摩尼教为国教。从此，回族人相信摩尼教。
11世纪初，甘州维吾尔族在裕固族历史上处于重要阶段。在此期间，信仰摩尼教的维吾尔人从漠北来到了佛教繁荣的河西。由于当地文化和宗教的影响，裕固族的祖先抛弃了摩尼教，改信佛教。并为佛教的传播做出了贡献，对河西乃至周边其他民族都有一定的影响。
元朝统治者崇尚喇嘛教萨迦派，于是裕固族的祖先又改信了喇嘛教。
喇嘛教的组织非常严格，有喇嘛(有的寺院堪布或活佛)、法台、僧侣、圣经、僧侣和弟弟。喇嘛是寺庙的最高统治者，以转世继承。喇嘛、法台和僧侣有权惩罚僧侣和弟弟。一般来说，僧侣很难被提升为法台和僧侣。即使有一些，他们也必须付出很多钱。大多数弟弟都是贫穷牧民的孩子。他们长期为喇嘛或传经大师免费工作。
喇嘛教对裕固族人民的经济生活有着严重的渗透和影响。每一个寺院每年都以部落或直接由寺院借会、念经的名义，向牧民强派布施。例如，每个寺庙每年都有定期的正月会议、四月会议、六月会议、十月（或九月） 会议，每月15日还有一次会议。这样，寺庙的上层不仅占据了大量的牲畜和草原，还通过各种名字的释放、念经和算卦向牧民收集布施。
如今，裕固人的宗教信仰中仍有很大比例的原始萨满教信仰。裕固族萨满教巫师称“也赫哲”或“喀目”。过去，赫哲主持的仪式主要包括每年农历正月举行的祭祀“汗腾格尔”(祭天神)仪式、农历六月举行的鄂博(敖包)仪式和各种治病求福的巫术活动。此外，现代裕固人对火的崇拜、火葬习俗、许多驱邪活动等都与古代萨满教信仰有关。在上述各种仪式活动中，上世纪80年代以后恢复的主要仪式是鄂博仪式。这一仪式的恢复可能与藏传佛教中类似的宗教活动有关。目前，裕固族地区的鄂博祭祀仪式多以行政村为单位或轮流举行。有些地方已经开始将这些活动与当地的旅游接待活动相结合，使原来的湖北博览会活动在内容和形式上越来越具有现代民族文化传播的意义。