中国知识分子大分裂的开始宣告了科举时代的结束。在过去，因为所有知识分子都被包括在内，他们的集体利益非常突出，而且基本上都站在地主阶级一边。但是随着康乾时期人口的迅速增长，这种制度走到了尽头，洪秀全的起义宣告了中国中下层知识分子和主流知识分子之间的裂变。因此，在清政府不能够压制太平天国的情况下，曾国藩作为学术界领袖亲自披挂上阵，组织军队镇压了起义，这是历史上的第一次。
知识分子群体的大分裂预示着科举制将走到尽头。40年后，科举制废除了，越来越多的中下层知识分子成为无产者。这些人成为辛亥革命、五四运动和民主革命的真正中坚力量，以及日后的共产主义者。与此同时，主流知识分子更加紧密地与大地主、大资本家以及外国资产阶级勾结，而分裂的表现则展现在台湾和大陆之间的对立中。
2、中国被压迫阶级从此有了自己的喉舌。 太平天国由于直接冲击了知识分子群体的经济基础，在维持着科举制的当时，起义几乎没有得到任何舆论支持，失败是必然的，但是，随着大批中下层知识分子转变为无产者，中国被压迫阶级终于开始拥有自己阶级的舆论力量。从此，中国被压迫阶级的反抗从纯粹的自发向初步的自觉转变。
3、太平天国对于孔子的攻击冲击并且动摇了中国几千年知识分子配合地主阶级愚昧人民的统治。 在科举制下，知识分子由于被整体包下来，整个知识分子群体是一个巨大的特权实力集团，为了愚昧人民，他们拼命制造以孔子位代表的知识分子崇拜，不但人民被迫接受“万般皆下品，惟有读书高”，甚至连封建皇帝也要对孔子下跪，其目的就是恐吓人民，不许人民在深重的压迫下右任何的反抗念头。而太平天国对于孔庙、孔牌的冲击动摇了几千年知识分子配合地主阶级愚昧人民的统治。
4、解放了女性。在太平天国时期，女性可以参加考试，可以倍录取为状元，女性不用缠足，而缠足，恰恰是宋代以后中国知识分子强加给中国女性的一副巨大的苦难枷锁。
5、建立根据地，开始建设属于自己阶级的政权。 以前的黄巢、李自成起义，都是流寇式作战，没有根据地经济补充革命军队，对于发展革命力量负面影响很大。他们这样做的一个主要原因是起义没有任何舆论支持，包括中下层知识分子也不肯放弃科举制下的地位来加入革命，而太平天国由于有洪秀全、洪仁杆等先进知识分子掌握革命政权，能够建立自己的舆论支持力量，所以首先建立自己的根据地，也为被压迫阶级以后管理自己阶级的政权提供了宝贵的经验教训。
6、解决了革命政权向何处演变的问题 历史上起义军将领演变为军阀的例子举不胜举，而1856年杨秀清已经露出这个苗头，太平天国成功地解决了有可能被掌握兵权有野心的将领篡夺政权的危险，尽管付出了巨大代价。以后太平天国对兵权分散，保证了政权不向军阀私人武装演变。 太平天国由于冲击了知识分子的经济基础，得到的舆论支持甚至比李自成少，失败可以说是必然的，但是，它的不屈不饶地站在中国被压迫阶级一边，宁死不向反动阶级屈服的气概是感天动地的(几万天国将士失败后集体自杀)，至今值得人民深深敬仰。