虽然清朝迁都北京，但它的势力在全国大部分地区还没有达到。因此，多尔根命令南方进军，彻底清除明朝残余势力，实现全国统治。
此时，南方的形势也非常紧张。农民起义军进入北京和崇祯皇帝自杀的消息传到江南后，引起了极大的震动。明朝的首都南京自然成为了一个政治中心。这里的文武官员讨论了建立新皇帝的问题。不久，他们宣布万历皇帝的孙子朱由松将成为皇帝。
这个小朝廷拥有淮河下流和长江以南的广大地区，拥有50万军队。实力还是挺强的。然而，它致力于报复君父的仇恨，不仅试图抵抗清军，还派使臣携带金、银、缎子到北京报酬清军入关杀害贼。还从海上运大米和白银奖励吴三桂借兵破。清朝收到礼物，派大臣对福王使臣说：我们发兵为你报仇，你不发兵，反而突然私下立了皇帝，是什么原因？今天的皇帝是万历皇帝的孙子，深受臣民的支持。现在他正在训练兵马。让我们邀请你一起发兵讨贼。清朝大臣听后笑着说：别邀请了，我们已经派兵下江南了，你们还是早降顺我们大清朝吧！”
清军已经南下了，但福王的政权还在那里内斗！大学士马士英以支持福王的功劳控制了政府。他重用了著名的阉割党（明朝附属于太监的官僚集团）阮大成，卖掉了官爵，搜索了民间财富。即使是目不识丁的人，只要他们有钱，他们也会买一个官爵，在街上作弊，骚扰人民。人们讨厌马士英，甚至三英尺的男孩也站在街上唱歌：
便贱如狗，都督满街走；
扫江南钱，填塞马家口。
守卫武昌的总兵官左良玉讨厌马士英贪赃枉法，于是带兵沿长江东下攻打马士英，提出清君侧。此时，清朝大将多铎已率兵接近扬州，但马士英却让守卫扬州的大学士史可法从前线调兵抵抗左良玉。史可法派人劝福王说：左良玉不敢与朝廷为难，但清失一来，国家就要灭亡了。福王还对马士英说：虽然左良玉不应该强迫南京，但我看他的奏章，不应该造反。守淮南还是很重要的。马士英两眼一瞪，大声喊道：清兵来了，还好商量和解；左良玉来了，他们是大官，我们君臣还能活吗？以后谁敢说守扬州，斩首不赦？福王吓得不敢再说话了。
事实上，福王是一个只知道吃喝玩乐的昏君。形势如此危急，他还下令选美女，派许多士兵手持棍子闯入房子。只要他看到一个年轻的女人，他就忍不住说，把黄纸贴在额头上，然后把它拉走。他派人去苏州和杭州挑妃子，那里的人说，连夜娶女孩娶媳妇，全城的人似乎都疯了。南京新宫兴宁宫落成，福王命大臣写对联(挂在对联上。他可以选择房子前面的柱子。一位大臣投他所好，写了一副对联，上联是万事如杯在手，下联是人生几见月当头。福王对宣传吃喝玩乐的对联非常满意，立刻命人挂了起来。
顺治二年(公元一六四五年)四月，清军进攻离扬州城只有30英里。正在抵挡左良玉进攻的史可法得到消息，心急如焚，连标兵都带不上，只带了几个仆人，骑上快马，连夜赶回扬州。史可法是个正直廉洁的人。带兵打仗，他总是和士兵们同甘共苦，士兵们没吃饱他就不肯先吃，士兵们没有御寒的衣服他也不会先穿。因此，他的威望很高，福王政权建立后，马士英忌恨史可法的威望，便鼓励福王把他送到扬州督师。当时多尔根也想借助史可法的声望平定江南，多次写信劝他降清。史可法断然拒绝了，他在回复中说：我已经下定决心为国家献身，对于你的招降，我无论如何都听不进去。”
史可法出身寒微。他从小就以努力学习而闻名。他喜欢在破庙烛光下通宵读书。没想到有一天雪夜，他遇到了当时的东林领袖——大学士左光斗，出来微服赏雪。他一见钟情，成了门生。左也是当时明朝政坛上的铮铮人。史可法深受导师左光斗的影响，为官清正，工作干练，名声大噪。直到乐阁大学士兵兼兵部尚书。但他是典型的文人，缺乏军事才能。
这一次，史可法赶回扬州，立即派人到处转兵。然而，镇上所有的将军都在观望，拒绝听从命令。只有总兵刘肇基带领2000人到扬州救援。史可法看到兵力太弱，无法迎击清军，于是命令刘肇基将军队开入城市，关上城门，准备守城。